第三季中，科尔和拉姆丝试图回到2016年阻止最初病毒的释放，却发现“十二猴子”组织已经渗透进了各个时空维度。他们并非单纯想毁灭人类，而是在进行一项宏大的社会实验：制造末日，筛选出能够“心灵感应”的新人类。这一季，科尔发现了自己童年的另一个版本，那个版本从未被送去未来，反而成为了猴军的精神领袖。同时，病毒学家琼斯博士发现，病毒的原始代码里包含一段情诗，署名是科尔的父亲。时间线彻底崩溃，过去、现在、未来开始重叠，科尔必须在记忆被抹除前，找到那个写下情诗的“第一因”。
本季将混乱的时间线玩到了极致，情感冲击力远超之前。每一集都像是一个独立的时间悖论谜题，却又紧密服务于主线。对孤独与人性的探讨，让科幻设定落地，悲壮而浪漫。
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一队全副武装的雇佣兵闯入纳粹遗留的集中营，却发现那里藏着他们无法理解的终极恐惧。
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暴雨之夜，江湖六大剑客齐聚一间荒村客栈，其中一人是偷走“夺命剑谱”的叛徒，天亮前，必须找出他，否则全部都得死。
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为了拯救废校危机，四个沉迷坦克模型的宅女带领全校女生，开着二战古董战车参加全国大赛。
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准新娘在婚礼当天发现未婚夫的家族流传着一个诅咒：每一场婚礼都必须用鲜血来祭奠。
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小镇公认的“完美女儿”突然绝食静坐，用沉默撕裂一个天主教家庭的假面。
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高中生投手在甲子园预选赛前查出绝症，他瞒着所有人站上投手丘，用最后的生命投出160km/h的誓约之球。
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至尊宝的第六次轮回遇上灭世天劫，这次他必须在紫霞记忆彻底消散前，改写所有平行宇宙的终点。
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四个陌生人受邀参加一场高科技密室游戏，却发现每解开一道数学谜题，密室墙壁就会向他们挤压一厘米。